维吾尔族历史上曾信仰过原始宗教、萨满教、袄教、道教、摩尼教、景教、佛教等，后来又信奉了伊斯兰教。

　　图腾崇拜时期 维吾尔族先民与世界上许多民族的先民一样，在科学技术极其落后的原始时期，对大自然中许多现象及生长的万物无法理解，总认为有某种神灵起作用，因而便有了对这些自然现象如对一些动植物的崇拜。现在维吾尔族虽然早已信奉了伊斯兰教，但还保留了不少自然崇拜，即原始宗教的遗迹。

　　前伊斯兰教时期 维吾尔族祖先曾信仰过萨满教。“萨满”一词为满——通古斯语，因满——通古斯语族各部落称巫师为“萨满”而得名。萨满教作为一种宗教信仰，虽然为维吾尔族后来所放弃，但它的影响还一直保留到今天。维吾尔族民间为人驱邪治病、占卜、解梦、相面的“巴克西”和“皮尔洪”，也就是古时候的萨满，他们为人祛病消灾时跳的“皮尔洪”舞，实际上就是古代的萨满跳神舞。

　　摩尼教是伊朗古代宗教之一，由伊朗人摩尼所创。该教在6—7世纪时传入新疆，并进而传入当时尚居住在漠北的回鹘部落中，并于公元726年之后成为回鹘的国教。回鹘西迁后仍一度保持摩尼教信仰，不仅大兴摩尼教寺院，而且以回鹘文大量译写摩尼教经典。直到15世纪伊斯兰教传播到吐鲁番地区以后，摩尼教才在维吾尔族中逐渐消亡。

　　伊斯兰教时期 维吾尔族信仰伊斯兰教，主要表现在信仰者的思想、行为都要严格以《古兰经》、《圣训》和其他宗教经典为准则。他们笃信安拉和安拉的使者穆罕默德，相信安拉是宇宙万物独一无二的万能的主宰，严守“沙里亚”（伊斯兰教教法），相信末日和未来，注重五功（念、礼、斋、课、朝）。对维吾尔族教徒来说，清真寺是被伊斯兰教看作“神圣”的地方，是宗教组织活动的中心。除了作礼拜外，清真寺还兼作社会活动的中心。除了作礼拜外，清真寺还兼作社会活动场所，维吾尔族地区到处可见到建筑漂亮、宏伟的清真寺。在新疆，尤其是维吾尔族聚居的南疆，大大小小的清真寺遍布城乡。